• Giải Paul Ehrlich và Ludwig Darmstaedter năm 1982
• Giải Nobel Sinh lý và Y khoa năm 1984
• Tiến sĩ danh dự của Đại học Chicago (1972)
• Tiến sĩ danh dự Đại học Columbia (1978)
• Tiến sĩ danh dự Đại học Copenhagen (1979)
• Tiến sĩ danh dự Đại học Basel (1981)
• Tiến sĩ danh dự Đại học Eramus Rotterdam (1983)
• Viện sĩ thông tấn danh dự Viện Hàn lâm Khoa học và Nghệ thuật Hoa Kỳ
• Viện sĩ Viện Hàn lâm Khoa học hoàng gia Đan Mạch (1969)
• Viện sĩ thông tấn của Viện Hàn lâm Khoa học quốc gia Hoa Kỳ (1975)
• Hội viên Hội hoàng gia London (1981)
• Viện sĩ Viện Hàn lâm Khoa học Pháp (1981)

Niels Kaj Jerne được coi là nhà lý thuyết lớn về Miễn dịch học hiện đại Niels Kaj Jerne cũng có tên trong sách "Thế kỷ 20 - 100 nhân vật quan trọng nhất Đan Mạch" của Connie Hedegaard và Claus Hagen Petersen.